Sepuluh tahun yang lalu, ilmuwan jahat Dr. Hell memimpin para pengikutnya yang jahat, yang dikenal sebagai Underground Empire, dalam perjuangan untuk menghancurkan semua umat manusia. Itu melawan kekuatan-kekuatan yang dilakukan oleh pahlawan muda Kouji Kabuto, mengemudikan robot super legendaris “Mazinger Z.” Kemenangan Kouji menghentikan rencana jahat Dr. Hell dan mengembalikan kedamaian ke Bumi. Sekarang Kouji telah meninggalkan kursi pilot di belakang dan menjadi ilmuwan dalam dirinya sendiri, mengikuti jejak ayahnya dan kakeknya. Namun sebuah pertemuan tak terduga jauh di bawah gunung Fuji memicu ancaman yang lebih besar bagi umat manusia daripada sebelumnya dan mengubah takdir Kouji selamanya. Dengan nasib manusia di tangan mereka, Kouji dan Mazinger Z menghadapi pilihan antara baik … dan jahat.