Season ke 2 dari Medaka Box, sebuah sekolah yang diperuntukan untuk meningkatkan kemampuan siswa diatas manusia normal dan sekarang Medaka Kurokami mengetahui bahwa dirinya lebih dari manusia biasa. Tapi itu hanya awal dari seri baru ini sebuah rencana rahasia yang mengejutkan mengarah ke percobaan yang mengerikan terjadi di sekolah tempat Medaka belajar, Perang God Mode antara orang-orang yang dimodifikasi mungkin mampu menghancurkan sekolah itu. Bagaimana Medaka menghentikan percobaan gila yang dilakukan di sekolah tersebut!.