Kota Kanon dipenuhi musik. Hibiki Houjou dan Kanade Minamino telah tumbuh di kota ini dan saling mengenal sejak mereka masih kecil. Namun, mereka tidak lagi akur karena sesuatu. Suatu hari peri Hummy dari tanah musik Major Land muncul di hadapan mereka. Raja jahat Mephisto dari Minor Land berencana untuk mengubah “Melody of Happiness” yang legendaris menjadi “Melody of Misfortune”. Untuk mencegah hal ini terjadi, Hibiki dan Kanade mengubah diri menjadi Pretty Cure. Kanade dan Hibiki harus belajar bekerja sama untuk mengumpulkan catatan terpencar dari “Melody of Happiness” untuk menciptakan kembali skor!