Di masa depan yang jauh, Aliansi Umat Manusia tengah berjuang untuk bertahan hidup terhadap makhluk yang disebut “Hidieazu”. Selama pertempuran yang hebat itu, letnan muda Ledo dan senjata gesit humanoid Chamber tertelan ke dalam sebuah distorsi ruang dan waktu. Ketika terbangun dari hibernasi induksi buatannya, Ledo menyadari bahwa ia telah tiba di sebuah planet di perbatasan yang hilang. Di planet yang benar-benar dibanjiri oleh lautan ini, orang-orang tinggal di armada kapal raksasa, mengemas peninggalan-peninggalan di kedalaman lautan untuk bisa bertahan hidup. Ledo tiba di salah satu armada yang disebut Gargantia. Dengan tidak adanya pengetahuan tentang sejarah atau budaya di planet itu, ia dipaksa untuk tinggal bersama Amy, seorang gadis berumur 15 tahun yang menjabat sebagai utusan di kapal armada Gargantia.