Sousei ada pada Aquarion Evol musim semi 1966. Shin Tsukishima yang bepergian untuk mendapatkan kristal radio, memenuhi Yuno Kawazu seorang gadis yang sedang menangis di sebuah pantai di Izu. Shin dan Yuno dipandu oleh Kitab Kejadian dan bertemu satu sama lain di tengah jalan. Batas-batas antara tiga dunia mulai mendistorsi diatara mereka.