Menceritakan meister dan senjatanya dan misi mereka adalah untuk mengumpulkan 99 jiwa jahat dan 1 jiwa majo. Jika berhasil, senjata meister akan menjadi Deathschythe, yang mana adalah gelar tertinggi bagi seorang senjata. Maka, Soul Eater, Black Star, Tsubaki, Death the Kid, dan Patty & Liz Thompson adalah karakter Soul Eater yang diceritakan. Selain mengumpulkan jiwa, siswa-siswi dari Shibusen ini melindungi Kota Kematian dari makhluk yang paling kuat sambil bersekolah dan berusaha untuk menjadi lebih kuat.