Di side storynya, Hayato Hayasugi (nama belakangnya berarti “sangat cepat”), anak laki-laki dari kurator museum kereta yang sangat mencintai kereta api, secara tidak sengaja terjebak di laboratorium penelitian rahasia ayahnya. Di dalamnya ia menemukan kereta peluru E5. Begitu dia masuk, dia mendengar sebuah pengumuman bahwa seorang musuh misterius, Bachigami (“dewa lebah”), menyerang kota New Saitama. Untungnya, dengan sentuhan kartu Shinca (“evolusi”) ayahnya, kereta peluru dia berubah menjadi robot yang hebat – Shinkalion E5 Hayabusa. Dalam cerita anime, Hayato dan anak-anak lainnya akan menjadi konduktor untuk pilot Shinkalion. Anak-anak harus bekerja sama dengan orang-orang dewasa dari “Shinkansen Ultra Evolution Institute” (SUEI) untuk mengalahkan monster yang terlihat seperti kereta peluru hitam.