Kisahnya berawal dari pernyataan sang tokoh utama, Tohno Shiki, yang baru sadar dari kondisi koma-nya. Dokter bilang Shiki menjadi korban kecelakaan lalu lintas dan ada kaca yang menancap pada dadanya, sehingga terdapat luka besar di dadanya. Namun, selain mendapatkan luka tersebut, Shiki menjadi bisa melihat garis-garis gaib. Garis itu hanya dapat dilihat oleh mata spesial “Pengelihatan Akan Kematian”. Garis-garis itu adalah garis kehancuran yang sangat mudah diputus, bahkan dengan pisau buah sekalipun. Shiki kemudian bertemu seseorang bernama Aoko yang memberi dia kacamata spesial yang dapat membuat Shiki tidak dapat melihat garis kematian tersebut. Sejak saat itu, Shiki terus menggunakan kacamata tersebut. Kecelakaan yang dialami oleh Shiki membuat tubuhnya lemah dan memiliki anemia, sehingga ia sering pingsan. Oleh karena itu, orang tuanya memindahkannya ke rumah keluarga kerabatnya, Arima, untuk dirawat. Selain itu, orang tuanya tidak menjadikan Shiki menjadi penerus keluarga Tohno, melainkan adiknya, Akiha.