Mii Snowdon dibiarkan sendiri setelah ayahnya menghilang saat menyelidiki pokemon berbentuk huruf misterius yang disebut Unown. Satu-satunya petunjuk tentang hilangnya ayahnya adalah sebuah kotak berisi beberapa ubin. Sambil bermain dengan ubin ini, Mii membuat keinginan untuk bertemu dengan ayahnya lagi, dan keinginan ini membangunkan Unown-yang memanggil singa seperti legenda pokemon legendaris Entei untuk bertindak sebagai ayahnya Sementara itu, Satoshi menuju ke Greenfield dengan teman pokemon setia, Pikachu, untuk bertemu dengan teman-temannya, Kasumi dan Takeshi. Ketika mereka sampai di daerah itu, mereka terkejut saat menemukan tempat itu mengkristal. Mereka dengan cepat mengetahui bahwa Unown bertanggung jawab untuk ini, dan mereka harus dikalahkan untuk mengembalikan Greenfield ke kecantikannya yang dulu Situasi menjadi pribadi saat ibu Satoshi diculik oleh Entei. Untuk mengetahui mengapa ibunya dibawa pergi, Satoshi, bersama teman dan pokemonnya, harus menempuh lanskap yang mengkristal untuk menghadapi Entei dan Unown.