Kelanjutan dari Pokemon Best Wishes!. Satoshi, Iris & Dent melanjutkan perjalanan mereka melalui wilayah Isshu. Setelah berhasil memenangkan Lencana ke-8 Gym-nya melawan Homika di Kota Tachiwaki, Shirona mengundang semua orang untuk tinggal di vila di Isshu Timur, di mana teman lama Hikari juga tinggal, dan berpartisipasi dalam Pokemon World Tournament Junior sebelum Satoshi berpartisipasi dalam Liga Unova. Team Rocket, sementara itu, memulai rencana terakhir mereka untuk wilayah Isshu-apa tujuan mereka dalam keinginan mereka untuk Pokémon Meloetta yang legendaris?