Setelah peristiwa fatal Pokémon: The Rise of Darkrai, Shaymin, Pokémon legendaris landak-seperti, ditarik ke dalam pertempuran antara Dialga dan Giratina, yang menyeret kedua Shaymin dan Dialga ke Reverse Dunia. Sebuah Shaymin ketakutan menggunakan kekuatannya untuk melarikan diri melalui portal kembali ke dunia normal, berikut Dialga setelah ia melumpuhkan kemampuan Giratina untuk menjelajah ke Bumi dengan menjebak dalam sebuah lingkaran waktu yang tak terbatas. Pertempuran ini disaksikan oleh Newton Graceland, spesialis Reverse Dunia, dan oleh antagonis film Zero.

Shaymin bertahan, berakhir di sebuah kota pantai yang indah (Bergen) di mana ia berjalan ke Ash Ketchum, Dawn, Brock dan Pokemon mereka, menyebabkan kekacauan sementara mencoba untuk mencuri makan siang Ash. Terguncang oleh pengalaman, Shaymin jatuh sakit tetapi sembuh di Pokemon Center setempat. Ash frustrasi oleh sikap sombong, tetapi ia dan teman-temannya sepakat untuk mengambil Shaymin ke Taman Bunga, sehingga dan lain-lain dari jenisnya dapat bermigrasi dan tumbuh sebuah taman baru di mana mereka pergi, melalui proses yang disebut bantalan bunga. Team Rocket Muncul dan mencoba untuk melarikan diri dengan Shaymin, hanya untuk portal ke Reverse Dunia untuk membuka dan menelan mereka, Shaymin, Ash, Pikachu, Dawn dan Piplup.