Dua film mengikuti plot yang sama dengan beberapa perubahan besar dan kecil, terutama Pokemon yang muncul, Reshiram dan Zekrom peran swapping. Di adegan pembuka, seorang pria bernama Damon mendekati sebuah desa terpencil dengan tujuan merevitalisasi tanah Rakyat dari Vale. Sebuah bencana alam terjadi, tapi Damon memanggil baik Reshiram atau Zekrom untuk menyelamatkan desa-desa. Sementara itu, Ash Ketchum, Iris dan Cilan mendekati Eindoak Town, tapi Ash menyelamatkan sepasang Deerling dari jatuh dari tebing.