Shinobi dengan bakat Kekkai Genkai setiap Negara menghilang, dan semua Negara menyalahkan kehilangan tersebut kepada Negara Api (Konoha). Ternyata tuduhan itu salah, tersangka atas hilangnya Shinobi tersebut ternyata seorang bernama Hiruko yang bertujuan mengumpulkan para Shinobi Kekkai Genkai dan salah satu Shinobi dari Konoha juga terpilih yaitu Hatake Kakashi. Tsunade sebagai Hokage ke lima memerintahkan Kakashi untuk menghancurkan Hiruko dengan mengorbankan nyawa Kakashi. Naruto sebagai murid dari Kakashi pun tidak akan tinggal diam dengan keputusan tersebut.