Naruto Shippuuden adalah kelanjutan dari serial TV animasi asli cerita Naruto. Berkisah tentang Uzumaki Naruto yang lebih tua dan sedikit lebih matang. Dia berusahanya untuk menyelamatkan temannya, Uchiha Sasuke, dari cengkeraman Shinobi ular, Orochimaru.Setelah 2,5 tahun, Naruto akhirnya kembali ke desanya, Konoha, dan menempatkan ambisinya untuk bekerja. Meskipun itu tidak akan mudah, karena ia telah mengumpulkan beberapa musuh (lebih berbahaya), dalam organisasi shinobi: Akatsuki.