CE 71: Di tengah perang antara Naturals (OMNI) dan Koordinator (ZAFT), sebuah unit dari ZAFT yang dikirim untuk melakukan perang baru dikembangkan oleh aliansi mobile suit Bumi pada koloni netral Heliopolis. Petugas Orb Koordinator bernama Kira Yamato mengikuti perguruan tinggi teknik di Heliopolis. Setelah ZAFT membajak 4 dari 5 mobile suit, Kira tersangkut pada kasus itu, Strike dipaksa untuk mempiloti mobile suite untuk menyelamatkan kehidupan temannya. Selama itu, Kira juga bertemu dengan Koordinator teman masa kecilnya, Athrun Zala yang ironisnya ternyata menjadi prajurit ZAFT dan salah satu dari para pembajak di Heliopolis. Memiliki kontrol Strike, Kira bergabung dengan Aliansi Bumi dengan menaiki kapal yang dikenal sebagai Archangel.