Empat tahun telah berlalu sejak pertempuran terakhir antara Celestial Being dan Angkatan PBB. Setelah mendirikan Federasi Sphere Bumi, membentuk sebuah kekuatan pelestarian keamanan independen, hukum terpisah dari Federasi tentara formal untuk lebih menyatukan bangsa dan kehendak manusia. Tetapi kenyataannya adalah penindasan yang tidak manusiawi dari penyalahgunaan kekuasaan, doktrin dan ideologi atas nama persatuan.

Saji Crossroad telah mengikuti jalan untuk menjadi seorang insinyur untuk menjaga janjinya pada Louise Halevy, yang pada gilirannya dipaksa untuk terlibat dalam reformasi pemerintah Federasi dan bergabung sebagai pilot mobile suit selama kesenjangan empat tahun. Sementara itu, Setsuna F. Seiei, setelah selamat dari pertempuran hebat empat tahun lalu, menyaksikan perubahan di dunia karena tindakan dari Celestial Being. Dengan kekalahan Alejandro Corner, ia bermimpi tentang sebuah dunia yang damai tanpa konflik, tetapi di depan matanya sendiri realitas untuk melanjutkan perdamaian, penindasan yang disebabkan oleh musuh. Dia memutuskan sekali lagi untuk bertarung dengan Gundam, kekuatan dengan potensi untuk mengubah dunia.