Mengambil latar cerita di sebuah kota fiksi Sugomori, Jepang. Suatu hari, Sonozaki mengatakan pada Katsuhira: “Kamu terpilih untuk menjadi Kiznaiver”. Kizuna System, membuat Katsuhira dapat berbagi luka dan menghubungkan dirinya dengan teman sekelas yang memiliki kehidupan dan kepribadian yang berbeda darinya. Kizuna System adalah sebuah sistem yang diimplementasikan untuk perdamaian dunia dengan menghubungkan melalui luka. Semua orang yang terhubung dalam sistem ini disebut dengan Kiznaiver. Ketika salah satunya terluka, sistem akan membagi dan mengirimkan luka ke yang lainnya.