Cerita ini bertempat di Jepang, musim panas 2015. 180 ribu orang tinggal di Kota Tachikawa, kota metropolis kedua setelah Tokyo. Diantaranya ada prajurit “Gatchaman” yang bertarung menggunakan kekuatan spesial yang diberikan melalui “NOTE,” perwujudan dari kekuatan spiritual. Sekelompok orang dikumpulkan menjadi sebuah tim individual yang memiliki kekuatan untuk melindungi Bumi dari alien kriminal. Akhir-akhir ini, pasukan Gatchaman ditugaskan untuk berhadapan dengan makhluk misterius bernama “MESS.”