Heiji Hattori mencari seorang anak yang membuatnya jatuh cinta setelah dia melihat anak itu bermain di luar sebuah kuil ketika dia masih kecil. Sementara, Kogoro, Ran, Conan, dan Sonoko pergi ke Kyoto dan bertemu dengan Heiji dan Kazuha untuk menginvestigasi pencurian dan pembunuhan berantai. Si pembunuh berusaha untuk membunuh Heiji berulang kali. Kazuha diculik sementara Heiji terluka parah.Mereka juga bertemu Ai, Ayumi, Mitsuhiko, Genta, dan Profesor Agasa yang sebenarnya pergi ke Kyoto untuk berwisata. Conan menelan pil yang Haibara berikan kepadanya dan sebotol anggur, sehingga ia kembali menjadi Shinichi untuk sementara. Dia menyamar sebagai Heji dan berusaha menangkap si pembunuh dan menyelamatkan Kazuha, lalu mengulur waktu sampai Heiji tiba.