Zoids adalah mesin pertempuran menyerupai binatang yang digunakan dalam kehidupan sehari-hari seperti transportasi, dan perang. Beberapa jenis Zoids seperto Organoids merupakan organisme hidup. Organoids ini memiliki kemampuan untuk membangkitkan Zoid dan membuatnya menjadi lebih kuat. Van (Ban) Freiheit menemukan sebuah Organoids Zoid di laboratorium yang telah ditinggalkan saat melarikan diri dari kejaran Zoids. Di dalam laboratorium ia menemukan tabung suspensi yang berisi seorang gadis aneh. Gadis tersebut mengatakan bahwa namanya adalah Fiona, dan ingin mencari sesuatu yang disebut Zoids Eve. Di sinilah petualangan Van, Zeke, dan Fiona dimulai.