Berlatar belakang 6 bulan setelah kejadian yang terjadi pada Original Manga Yu-Gi-Oh!, Mutou Yugi dan teman-temannya sedang membicarakan impian mereka setelah lulus dari SMA. Sementara itu, Seto Kaiba memerintahkan proses penggalian untuk menemukan Millenium Puzzle. Item tersebut adalah milik Atem, rival lamanya dan bertujuan untuk membangkitkannya demi berduel melawannya. Saat tiba di situs penggalian, dia dihadang dengan orang misterius dan mencuri dua bagian puzzle tersebut. Apa tujuan sebenarnya dari orang tersebut?