Menceritakan tentang perjalanan roh seorang Pharaoh Mesir kuno yang mencoba untuk menemukan kembali ingatannya bertahun-tahun yang lalu. Dengan bantuan dari anak laki-laki yaitu Yugi Mutou, orang yang membangunkan roh tersebut, dan juga teman-temannya, ia berpertempuran melawan banyak penjahat. Banyak penjahat yang telah berhubungan dengan Pharaoh Tak Bernama terakhir itu, karena ia memegang Millenium Puzzle dan banyak mencoba untuk mengambil teka-teki kekuatan dari dirinya.