Under the Dog berlangsung pada tahun 2025 di Neo Tokyo, lima tahun setelah serangan teroris di Olimpiade Tokyo. Demi bisa bangkat dari tragedi itu U.N. membentuk unit ops rahasia untuk mencari, kemudian mengeliminasi mereka yang bertanggung jawab atas serangan itu. Anthea Kallenberg, seorang gadis keturunan Swedia adalah anggota dari kelompok elit ini yang telah diasah kemampuan tempur dan telah menjadi pembunuh yang mematikan. Tetapi ia penasaran dengan siapa dia sebenarnya.