Cerita fantasi ilmiah bernama Tokyo ESP dimulai dengan Rinka, seorang gadis SMA yang sangat miskin yang tinggal hanya dengan ayahnya di Kota Tokyo yang modern. Suatu hari, dia sedang pulang dari sekolah ketika dia mengejar “penguin terbang” ke puncak menara Tokyo hanya untuk mengambil “ikan terbang” yang tiba-tiba muncul di depannya. Salah satu ikan melewati Rinka dan memberikan kekuatan yang luar biasa yang dapat melampaui manusia normal, terutama kemampuan untuk menembus melalui benda padat.