Season ke 2 dari Toaru Majutsu no Index. Index masih menjadi incaran banyak organisasi sihir yang ingin menggunakan buku-buku yang ada dalam ingatan Index. Perang antar organisasi sihir pun juga telah dimulai. Index hanya bisa mengandalkan Touma yang selalu melindunginya bersama dengan Misaka dan teman-temannya dari Academy City.