Academy City adalah kota yang sangat maju dalam bidang teknologi dan 80% dari 2,3 juta penduduknya adalah pelajar. Fokus utama dalam studi di kota ini adalah untuk mempelajari kekuatan esper. Misaka Mikoto adalah salah satu esper level atas yang tinggal di kota ini bersama teman sekamarnya, Shirai Kuroko yang juga esper level atas dan merupakan anggota dari Judgement. Judgement adalah badan penegak hukum yang anggotanya adalah para pelajar. Misaka dan Shirai adalah murid SMP Tokiwadai, sebuah sekolah swasta untuk esper level tinggi dan murid kaya. Bersama dengan dua teman lainnya, Uiharu Kazari dan Saten Ruiko, mereka berempat menjalani kehidupan di Kota Akademi yang penuh dengan petualangan menarik.