Petualangan terbang tinggi ini dimulai ketika Pazu, seorang insinyur yang sedang magang menemukan seorang gadis muda, Sheeta mengambang turun dari langit mengenakan liontin bercahaya. Bersama-sama mereka mencari benteng mengambang legendaris, Laputa, dan bersumpah untuk mengungkap misteri kristal bercahaya di leher Sheeta itu. Pencarian mereka tidak akan mudah. Ada bajak laut serakah di udara, agen rahasia pemerintah dan hambatan luar biasa untuk menjauhkan mereka dari kebenaran, dan rintangan yang memisahkan satu sama lain.