Nagito Komaeda terbangun setelah mengalami kematian di Program Dunia Baru. Seperti apa dunia yang dilihatnya dan kenapa dia terbangun? Nagito masuk ke dunia yang aneh, termasuk murid-murid yang sudah pernah dilihatnya sebagai orang yang tak pernah ada. Dia adalah seorang anak biasa yang tak memiliki keberuntungan dan masuk ke sekolah biasa. Tertekan dengan menjadi protagonis, dia berpikir jika memiliki bakat luar biasa akan mengganggu kebahagiaannya. Dia percaya jika hidup normal, akan membuatnya bahagia sambil melihat teman kelasnya dengan masa muda yang indah. Namun, suatu hari, seorang lelaki yang menyebut dirinya “Penghancur Dunia” itu muncul dengan wujud Hajime Hinata bermata merah. Dia memulai penghancuran dari dunia Nagito