Di sebelah selatan Jepang, ada sebuah pulau yang hijau subur yang disebut Southern Cross Isle. Suatu malam, seorang anak laki-laki dengan nama Takuto Tsunashi terdampar dipula itu. Dengan kepribadian yang ceria dan baik hati, ia mulai bergaul dengan berbagai siswa di sekolah dan membangun hubungan dengan banyak dari mereka, termasuk Wako Agemaki dan Sugata Shindou. Tapi sekolah ini menyembunyikan rahasia yang mendalam. Ada raksasa tidur tersembunyi di bawah tanah yang disebut ”Cybodies”.