Kelanjutan dari Soukyuu no Fafner: Dead Aggressor – Exodus, Tatsumiyajima adalah pulau utama di tengah sekelompok kecil pulau. Di pulau itu, orang-orang tinggal, bersekolah dan hidup damai. Atau begitulah yang mereka tahu. Tapi sebenarnya berbeda, nasib manusia dipertaruhkan. Dan Tatsumiyajima adalah baris terakhir pertahanan terhadap musuh. Di tengah itu semua, berjuanglah umat manusia dengan Fafner, robot raksasa mereka, naga yang menjaga harta akhir umat manusia.