Sebuah ledakan besar terjadi di planet asal Sonic the Hedgehog tinggal. Hal ini mengakibatkan Sonic dan teman-temannya serta lawannya, Dr. Eggman terlempar ke suatu tempat yang dirasa asing. Saat sadar, Sonic berada di sebuah tempat terpencil di Bumi dan ditemukan oleh Christopher Thorndyke. Dalam perjalanan mengelilingi kota, Sonic berjumpa dengan kawannya, Shadow the Hedgehog dan dibantu dengan Amy Rose, Knuckles the Echidna, Miles “Tails” Prower, dan geng Chaotix, Sonic berusaha menghentikan aksi dan tindakan-tindakan yang berhubungan dengan kejahatan dari Dr. Eggman, serta menghentikan serangan dari musuhnya, Metarex.Selama eksplorasi ke sejumlah planet di luar angkasa dengan Blue Typhoon, Sonic dan kawanannya berkenalan dengan Blaze the Cat dan Cosmo. Dr. Eggman diam-diam mengikuti perjalanan karena tertarik dengan permata Chaos Emerald. Aksi seru Sonic mampu menghentikan aksi teror dari Eggman dan Metarex.