Blue World yang melambangkan “alasan” diserang terus menerus oleh makhluk yang disebut “Kupu-kupu Malam O’Note” yang berasal dari Red World yang melambangkan “insting”. Asagi Akira, gadis berumur 17 tahun yang melakukan penelitian di Blue World dan ditunjuk untuk memimpin perang di Ryuukyuu LAG pusat pertahanan yang dibanggakan di pulau Ishigaki dan Iriomote. Dia bertemu dengan unit tempur keenam “IS” yang dibentuk empat tahun setelah pertempuran sengit yang telah dimusnahkan oleh unit kelima. Akari harus memimpin enam rider yang dijuluki sebagai sebagai “Scared Rider Xechs” untuk melawan dunia lain dan juga memperdalam hubungan dengan mereka.