Prajurit yang disebut Saints” adalah pahlawan harapan yang selalu muncul sejak Zaman Mitos Yunani setiap kali kejahatan mengancam dunia. Dalam cerita ini sejak bertahun-tahun lamanya berjuang pada “Perang Suci” terdapat gadis bernama Saori Kido, seorang gadis yang terganggu oleh kekuatan misterius. Dia diselamatkan oleh seorang anak, Seiya yang merupakan Saint Perungu dari serangan seorang pembunuh, Setelah kecelakaan itu Saori menyadari takdir dan misinya, dia memutuskan untuk pergi ke “Sanctuary” dengan Seiya dan teman Seiya sesama Saints Perungu. Di Sanctuary mereka menghadapi “Pope” dan pertarungan Suci terbesar melawan “Saints Emas”.