Telur milik mitos Pokemon Manaphy ditemukan oleh hantu tentara bayaran bajak laut, tetapi telur kemudian diambil oleh Jack Walker, Pokémon Ranger menyamar sebagai salah satu anggota awak Phantom. Walker bergabung dengan Marina Group, sebuah keluarga sirkus keliling yang mengkhususkan diri dalam Air-jenis, untuk memberikan telur Manaphy untuk Samiya, sebuah istana bawah laut yang dibangun oleh orang-orang dari Air, siapa Marina Grup adalah keturunan. Pokémon trainer Ash Ketchum, Pikachu, dan teman-teman mereka Brock, May, dan kakaknya Max menjadi hilang dalam perjalanan mereka dan menghadapi Marina Group, secara tidak sengaja terlibat dengan misi Walker.