40 tahun yang lalu, sebuah Celebi sedang diserang oleh Pokemon Hunter. Untungnya, seorang anak muda bernama Sammy disimpan Celebi. Menggunakan kekuatannya Waktu Travel, Celebi diangkut dirinya dan Sammy 40 tahun ke depan. Ada, Ash, Misty, dan Brock membantu Sammy ke danau penyembuhan di hutan sehingga mereka dapat menyembuhkan luka Celebi. Sayangnya anggota Rocket Tim jahat, viscious alias “The Iron bertopeng Perampok”, mencoba untuk menangkap Celebi menggunakan teknologi nya.