Dalam dunia kejahatan, muncul sekelompok mafia baru dengan nama Inferno. Organisasi baru ini ditakuti karena mereka berhasil menyingkirkan pemimpin organisasi lain yang tidak bergabung dengan mereka. Semua tugas membunuh para pimpinan organisasi itu dilakukan oleh seorang assassin yang dikenal dengan nama “Phantom”. Azuma Reiji adalah seorang remaja dari Jepang yang pergi berlibur ke Amerika. Ketika sedang mencari jalan, secara tidak sengaja ia melihat Phantom sedang beraksi. Karena kejadian ini maka Phantom, yang ternyata adalah seorang perempuan dan dikenal dengan nama “Ein”, memburu Reiji untuk menghilangkan saksi mata. Tetapi Scythe Master, orang yang “menciptakan” Phantom, berpendapat lain. Ia mengatakan bahwa ia melihat Reiji mempunyai “bakat” untuk menjadi assassin yang tangguh.

Oleh karena itu, ia tidak memerintahkan Phantom untuk membunuh Reiji tetapi memberi Reiji 2 pilihan: berlatih menjadi assassin di bawah didikan Phantom, atau mati. Reiji akhirnya memilih untuk menjadi assassin dan diberi kode nama: Zwei. Meskipun ia sudah dilatih menjadi assassin, Reiji masih mempunyai keinginan dan pemikiran untuk melepaskan diri dari Inferno dan ia pun mulai mempunyai perasaan terhadap Ein yang sepertinya juga merasakan hal yang sama kepada Reiji. Sementara itu, di dalam tubuh Inferno sendiri mulai terjadi perpecahan dan terjadi upaya saling menjatuhkan antara para petinggi di organisasi tersebut.