Cerita berfokus pada protagonis berusia 16 tahun setelah dia dipindahkan ke SMA Shujin di Tokyo. Dia tinggal bersama teman orang tuanya, kemudian dia bertemu dua orang murid, si anak bermasalah Ryuuji Sakamoto dan An Takamaki, dan makhluk yang bisa berubah jadi kucing bernama Morgana. Selama dia di sana, karena tertekan oleh lingkungan, mereka berempat membentuk kelompok bernama Kokoro no Kaito.