Pertarungan antara protagonist dan groupnya S.E.E.S. dengan monster asing yang dikenal sebagai Shadows akhirnya mencapai puncaknya. Makoto dan para sahabatnya harus terperangkap dalam pertarungan hidup-atau-mati dengan Shadows untuk menghentikan Dark Hour. Melalui pertarungan ini, mereka harus menghadapi kematian dari teman dan keluarganya, beberapa dari mereka harus memilih hal berharga apa yang harus mereka lindungi, and beberapa diantara mereka haru menemukan arti dari pertarungan yang sedang mereka lalui.