Anna, seorang gadis muda yang tinggal di Sapporo, mengalami kesulitan dengan teman-teman sekelasnya. Karena sering cemas, dokter menyatakan bahwa Anna harus pindah ke tempat yang lebih santai. Setelah pindah ke pedesaan bersama keluarganya dan terpisah dari ibunya, ia menghabiskan waktunya di sekitar wilayah desa dan mengambar sketsa. Dirinya ditarik ke rumah yang tampaknya berada di dalam air, yang hanya dapat masuk ke rumah itu saat air surut. Hal ini yang membuat ia bertemu dengan Marnie.Meskipun dia kenal Marnie yang usianya sama dengan gadis itu, namun ada sesuatu yang misterius tentang Marnie bahkan memberitahu Anna untuk menjaga rahasia dari orang-orang di kota. Anna memiliki kesulitan dalam mengingat. Bagaimana hal ini berhubungan dengan Marnie?