Enam ribu tahun sebelum kedatangan Sora dan Shiro, terjadilah sebuah perang besar yang mengoyak daratan, mendobrak langit, menghancurkan bintang, dan membahayakan umat manusia. Dalam keadaan yang memprihatinkan itu, salah satu manusia yang bernama Riku, membimbing umat manusia untuk melewati hari esok. Suatu hari, ketika Riku menjelajahi reruntuhan kota Elf, dia bertemu dengan Ex-machina bernama Shuvi. Shuvi merupakan unit pengumpul data yang sedang melakukan investigasi mengenai hati manusia. Sampai ia memahami apa yang disebut hati manusia, Shuvi memutuskan untuk berada di sisi Riku.