Ditugaskan untuk menangkap seorang kriminal, Naruto, Sakura, Sai dan Yamato dikirim untuk mencari dan menangkap seorang shinobi bernama Mukade, Mukade adalah seorang pengendali boneka yang jahat, tujuan Mukade adalah mencari kekuatan Ryumyaku di reruntuhan kota Roura. Tanpa tahu Naruto dan Timnya ternyata melompat ke ruang waktu masa lalu saat mencari Mukade di reruntuhan, Naruto dipertemukan dengan Ayahnya sendiri yaitu Minato Namikaze yang juga sedang ditugaskan menangkap Mukade.