Sebuah kelompok ninja misterius membuat serangan kejutan di Konoha menggunakan sebuah mesin terbang aneh yang belum pernah ada dikonoha, dan Konoha mengalami kerusakan yang besar dan perang antar shinobi bisa saja menjadi kenyataan, untuk itu shinobi Konoha diperintahkan untuk menghancurkan Kelompok tersebut. Sasuke yang telah meninggalkan Konoha untuk membunuh Itachi muncul untuk kedua kalinya didepan Naruto.