Orang yang pendiam dan apatis namun jahil, itulah Rokujo Miharu. Kehidupan biasa miliknya hancur ketika dia mengetahui bahwa ada Hijutsu di dalam tubuhnya, yang bernama Shinrabanshou”. Hijutsu adalah teknik rahasia ninja terkuat yang pernah ada. Teman sekelasnya, Aizawa Kouichi, dan gurunya, Kumohira Thobari Durandal, mengajak dia untuk bergabung dalam asosiasi mereka, yaitu Klub Ninja. Karena kekuatan besar miliknya, dia pun diincar oleh berbagai ninja dari desa-desa ninja. Musuh mereka yang paling berat adalah Kairoshuu karena Kairoshuu memiliki Kinjutsu (teknik ninja terlarang) yang sangat kuat. Pertarungan untuk menjadi Penguasa Nabari pun dimulai kembali.