“Mushi”: bentuk kehidupan paling dasar di dunia ini. Mereka ada tanpa tujuan lain selain untuk “ada”. Mereka berada di luar belenggu kata “baik” dan “jahat”. Mushi bisa ada dalam bentuk yang tak terhitung jumlahnya dan mampu meniru hal-hal yang alami di dunia ini seperti tumbuh-tumbuhan, penyakit, bahkan fenomena seperti pelangi. Akan tetapi, ini hanyalah definisi samar tentang keberadaan mereka yang mendiami dunia Mushishi, bahkan menyebut mereka sebagai bentuk kehidupan pun bisa berarti terlalu sederhana. Informasi Mushi yang terperinci hampir tidak ada karena kebanyakan manusia tak menyadari keberadaannya. Lalu apakah Mushi itu benar-benar ada? Kenapa mereka ada? Inilah pertanyaan yang terus direnungi oleh seorang “Mushi-shi” yang bernama Ginko, Mushi-shi adalah orang yang meneliti Mushi dengan harapan memahami posisi mereka dalam hirarki kehidupan dunia ini. Ginko berkelana dari satu tempat ke tempat lain yang menyimpan kabar dimana tempat-tempat tersebut kemungkinan berkaitan dengan Mushi untuk menemukan jawabannya.