Universal Century 0096. Beberapa bulan telah berlalu sejak insiden Laplace yang juga dikenal sebagai Universal Century Charter. Federasi Angkatan Bumi mengirimkan sekelompok peneliti ke Axis yang mengorbit bumi. Dua warga sipil berpartisipasi sebagai anggota kelompok penelitian, mereka adalah Arlette Almage dan Danton Hyleg. Keduanya memiliki masa lalu yang berhubungan dengan layanan pemerintah untuk Kerajaan Zeon dan Neo Zeon sebagai seorang test pilot dan teknisi. Setelah memeriksa Axis, para peneliti ini diserang oleh pasukan misterius yang tidak tau datangnya darimana. Arlette dan Danton kini dihadapkan dengan sebuah insiden yang tidak pernah terbayangkan oleh mereka.