Menceritakan kisah manusia 300 tahun setelah konflik besar antara Bumi dengan Mars yang dikenal sebagai “Perang Calamity.” Seorang wanita bernama Cordelia kemudian bertekad melakukan perjalanan ke Bumi untuk membicarakan kemerdekaan kota di Mars, Chryse, yang saat ini berada di bawah kendali Bumi. Cordelia menyewa perusahaan pelindung CGS untuk melindungi perjalanannya, dalam perusahaan tersebut terdapat protagonis Mikazuki Augus dan Orga Itsuka. Saat sebuah grup bernamaGjallarhorn menyerang CGS, Orga memutuskan untuk memberontak dari CGS dan melakukan kudeta. Untuk melawan Gjallarhorn, Mikazuki mengendarai mobile suit kuno dari jaman perang bertenaga nuklir, Gundam Barbatos.