Rune Ballot adalah pelacur remaja di Mardock City. Suatu hari seorang manajer kasino yang sangat ambisius Shell, membawa Ballot dan memberikan segala apa yang Ballot inginkan. Mulai dari kepribadian palsunya yang baru, masa lalu yang palsu, dan sekarang Shell juga memberikan kehidupannya yang palsu. Walaupun Ballot senang dengan kehidupan yang diberikan oleh Shell akan tetapi ia merasa ingin tahu apa yang sebenarnya terjadi di kehidupan Shell. Akan tetapi, keingintahuan Ballot tersebut malah menjadi malapetaka baginya. Shell mengetahui setiap gerak gerik Ballot dan akhirnya membunuh Ballot dengan meledakan mobil yang ditumpangi Ballot. Singkat cerita, pada saat itu ada sistem ilegal dari kepolisian yang dinamakan dengan “Scramble 09″ yang dimana sistem tersebut mengutus seorang profesor untuk memperbaiki sel-sel manusia yang rusak menjadi serat-serat sintesis dan kemudian menjadi sebuah Cyborg. Apa hubungannya Ballot dengan sistem Scramble 09?