Season ke-2 dari seri Mahou Shoujo Lyrical Nanoha. Bercerita Setelah peristiwa kasus Lost Logia, Nanoha menunggu dengan sabar untuk hari dimana dia bisa bersatu kembali dengan teman barunya, Fate. Meskipun menjadi penyihir yang sangat kuat, Nanoha menghabiskan hari-harinya dengan teman-temannya di Bumi. Tapi kedamaian sekali lagi tiba-tiba hancur, karena Nanoha tanpa peringatan diserang oleh penyihir yang tangguh. Sekelompok penyihir kekerasan telah menyerang apapun dengan kekuatan gaib untuk tujuan mereka sendiri. Nanoha dan Takdir, bersama dengan teman mereka Yuuno, Arf, Chrono dan Biro Administrasi Ruang/Waktu harus sekali lagi bersatu untuk menghentikan penyihir pemberontak ini untuk menyakiti orang lain atau hal lain. Mengambil tempat setelah musim pertama.