Bercerita tentang murid kelas tiga Takamachi Nanoha menemukan seorang musang yang luka-luka karena mendengar tangisan telepati untuk meminta bantuan. Si musang ternyata adalah Yuuno, seorang arkeolog dan penyihir dari dunia lain yang secara tidak sengaja telah menyebarkan Benih Permata yang berbahaya ke seluruh Bumi. Tanpa kekuatan untuk mengumpulkan Benih Permata, Yuuno telah kembali membentuk seekor musang dan membutuhkan orang lain untuk melakukan tugasnya. Dia memberi permata merah kepada Nanoha yang menjelaskan kepadanya dengan ini dia bisa mengubah dan menggunakan sihir untuk melawan monster yang mengancam mereka karena Benih Permata. Tapi monster itu adalah yang paling tidak memprihatinkan, karena Yuuno dan Nanoha bukan satu-satunya yang bisa mengumpulkan Benih Permata.