Kaito Kuroba adalah seorang remaja normal yang sering sekali bolos. Ketika ayahanya tewas dalam kasus misterius,dia menemukan identitas ayahnya yang sebenarnya : seorang pencuri yang terkenal di dunia International 1412: sang Pencuri bayangan, dan tewas dibunuh oleh organisasi misterius karna menolak pencurian “Permata Pandora”, sebuah batu mistik yang akan mengeluarkan air mata saat sedang hujan komet.Kaito memutuskan untuk menjadi Kaito Kid untuk menemukan siapa pembunuh ayahnya yang sebenarnya.